首先要预防的是肠道传染病：甲型病毒性肝炎、霍乱、细菌性痢疾、伤寒、其他感染性腹泻、手足口病等6种。
另外，人畜共患疾病和自然疫源性传染病也是汛期极易发生的：如流行性出血热、钩端螺旋体、流行性乙型脑炎、疟疾。由于洪水泛滥，灾区居民接触疫水的机会增加，血吸虫病的感染机会也增多。
新冠肺炎疫情防控期间，要注意灾民安置点出现流感、新型冠状病毒肺炎等呼吸道传染病疫情。

人们常说“大灾之后有大疫”，这不是没有道理的，由于洪水破坏，给传染病流行创造了很多有利条件。主要有以下三点：
洪涝灾害发生后，洪水冲毁厕所、牲畜棚舍，垃圾被淹，容易造成水体的污染。另外湿度大、温度高，食品容易受到细菌、霉菌等微生物的污染，使灾区水源性和食源性肠道传染病暴发的风险增加。
同时，洪水淹没粪池、下水道等，动植物尸体腐败，生活和居住环境恶化，蚊子、苍蝇和老鼠的等各种媒介的密度会在短时间内增加，钩体病、血吸虫等虫媒传染病发生的风险也会相应增加。
此外，灾区基础设施遭到破坏，居民迁移，灾区临时居住点人群密度高，卫生条件差，加上疲劳和一定程度的心理创伤，使得灾区居民机体对传染病的抵抗能力降低。

注意饮用水卫生，不喝生水，只喝开水或符合卫生标准的瓶装水、桶装水，对临时的饮用井水、河水、湖水、塘水，一定要进行消毒；漂白粉(精片)必须放在避光、干燥、凉爽处(如用棕色瓶拧紧瓶盖存放)。
注意食品卫生，防止病从口入：不吃腐败变质的食物，不吃淹死、病死的禽畜。
注意个人卫生，尤其是手部卫生，勤洗手，不共用个人卫生用品。
注意环境卫生，及时清理积水，清除粪便、垃圾，减少蚊蝇滋生, 粪便、排泄物和垃圾要排放在指定区域，不随意丢弃。做好防蝇防鼠灭蚊工作，预防肠道和虫媒传染病。
防汛期间，要避免手脚长时间浸泡在水中，尽量保持皮肤清洁干燥，预防皮肤溃烂和皮肤病。在血吸虫病流行区，尽量不接触疫水，必须接触时应做好个人防护，如穿戴胶靴、胶手套、胶裤等。
最后还要提醒，如出现发热、呕吐、腹泻、皮疹等症状，要尽快就医，防止传染病暴发流行。